Les maladies du bois de la vigne, i.e. esca, eutypiose et chancres à Botryosphaeria, sont devenues en l’espace d’environ vingt ans l’objet de préoccupations très importantes pour la filière viti-vinicole en France et dans le monde (Armengol et al. 2001 ; Bertsch et al. 2013 ; Edwards et Pascoa 2004 ; Gimenez-Jaime et al. 2006 ; Mugnai et al. 1999 ; Rumbos et Rumbou 2001). L’agent responsable de l’eutypiose, Eutypa lata, a été identifié et ses relations avec la plante sont relativement connues. Pour l’esca et le BDA de la vigne qui sont des maladies de dépérissement à l’étiologie complexe, les dépérissements des plants seraient expliqués par plusieurs facteurs biotiques (micro-organismes pathogènes tels que Phaemoniella chlamydospora, Phaeoacremonium aleophilum, Fomitiporia mediterranea et Botryosphaeria spp.), abiotiques, écophysiologiques, associés aux pratiques culturales. Des approches de métagénomiques (thèse E. Bruez, 2013 ; Casdar V906-907) ont récemment montré la grande diversité des communautés fongiques (674 Operational Taxonomic Units, OTUs) et bactériennes (222 OTUs) colonisant le bois. Ces communautés microbiennes sont notamment beaucoup plus diverses dans le bois sain de la vigne que dans celui partiellement ou totalement nécrosé. Plusieurs champignons pathogènes sont déjà présents dans le bois apparemment sain de jeunes plants de vigne (10 ans). Certaines communautés bactériennes spécifiques pourraient être associées à l’esca, leurs aptitudes trophiques étant en effet différentes selon les tissus où elles étaient prélevées, néanmoins cette hypothèse doit encore être vérifiée. Le point clé pour comprendre pourquoi un tissu de bois sain deviendra nécrosé chez des ceps matures consistera à déterminer quels sont les facteurs qui vont favoriser l’activité pathogène des champignons et donc leurs aptitudes à dégrader les tissus du bois.

Concernant les agents pathogènes, Botryosphaeria constitue un genre avec des espèces ayant des agressivités très variées (Amponsah et al. 2011). A l’instar de travaux réalisés dans d’autres pays (Pitt et al. 2010 ; Urbez-Torres et al. 2006), 13 espèces de Botryosphaeriaceae réparties dans le vignoble français (Casdar V906-907 et V908) ont été répertoriées, elles présentent également des niveaux d’agressivité variable in vitro et in planta. Neofusicoccum parvum est considéré comme une espèce particulièrement agressive. En l’absence de méthodes efficaces pour lutter contre l’extension de ces dépérissements, il est important d’acquérir des connaissances concernant les traits d’histoire de vie (fitness, adaptation aux pressions biotiques et abiotiques, agressivité, sensibilité aux toxiques) des bioagresseurs, leur diversité et leur fonctionnement. Peu de données existent sur la diversité et les caractéristiques biochimiques de ces champignons que ce soit pour E. lata  (Chapuis et al. 1996 ; Mauro et al. 1988 ; Peros et al. 1994), les Botryosphaeriaceae (Lambert et al. 2013), ou les champignons impliqués dans l’esca (Comont et al. 2010 ; Gramaje et al. 2013). Le comportement de la plante face à ces bioagresseurs est relativement méconnu, mais plusieurs travaux précurseurs sont prometteurs (Camps et al. 2010). Actuellement, les résultats obtenus au cours des travaux du Casdar V908 sur les marqueurs de diagnostic vis-à-vis de l’eutypiose et des marqueurs d’état de défense de la vigne (Dufour et al. 2013) sont utilisés, mais ils devront être affinés et consolidés.

Botryophaeriaceae isolées de ceps malades	Bruez et al. 2014, PLoS ONE 9(5)	Comont et al. 2010, European Journal of Plant Pathology, 127 (4)	P. oligandrum, agent de lutte biologique

La lutte contre les maladies du bois (MDB) passe par plusieurs stratégies, deux ont été choisies dans le présent projet :

• 1) la lutte biologique par utilisation de micro-organismes
• 2) la sélection de cépages ou de clones tolérants aux agents pathogènes fongiques responsables de ces pathologies.

1) Les études menées en V906-907 ont montré que la vigne est naturellement colonisée par une microflore diverse et potentiellement non pathogène au niveau du bois (e.g. bactéries, Trichoderma spp. ; Bruez et al. 2013) et de la rhizosphère (Pythium oligandrum ; Gerbore et al. 2012). Plusieurs de ces micro-organismes peuvent exercer une protection sur le végétal, elle résulte d’une action directe, via une compétition avec les pathogènes, ou indirecte, via l’induction de résistance chez la plante hôte (Gerbore et al. 2011). Lors du Casdar V906-907, une analyse par microarray-vigne de la résistance induite par la colonisation racinaire par P. oligandrum et infectée par P. chlamydospora au niveau des tiges a été réalisée. Les premiers gènes marqueurs de cette résistance sont en cours de détermination.

2) Pour le second point, afin de sélectionner des plants tolérants aux champignons impliqués dans le dépérissement du bois de la vigne, il est nécessaire de mieux comprendre les réponses physiologiques et moléculaires de la plante à l’infection. L’analyse de la réponse transcriptomique globale (analyse par microarray génome-complet) de trois cépages de vigne (Merlot, Cabernet-Sauvignon et Ugni blanc) de sensibilité variable à E. lata a été réalisé dans le Casdar V908. Cette approche globale a permis de sélectionner quatre gènes candidats (deux dans les feuilles, deux au niveau du bois) dont les niveaux d’induction en réponse à E. lata pourraient constituer des marqueurs potentiels de tolérance à l’eutypiose, utilisable comme outils d’aide à la sélection de cultivars (clones, produit de croisements) moins sensibles à cette maladie.

Afin d’affiner et d’augmenter la robustesse de ces travaux, il est nécessaire d’augmenter le nombre de marqueurs en testant des gènes supplémentaires issus du crible microarray réalisé lors des précédents projets Casdar. L’obtention d’ « empreintes » transcriptomiques de la résistance induite par P. oligandrum (V906-V907, fait avec P. chlamydospora) et à la tolérance à E. lata (programme V908) constituées d’une dizaine de gènes (feuilles et bois confondus) sera possible. Utiliser ces marqueurs contre d’autres agents pathogènes et d’autres génotypes de Vitis vinifera ayant des sensibilités différentes aux MDB, peut constituer une future voie de recherche.