Objectif

Le travail de thèse d’E. Bruez a mis en évidence l’intérêt de plusieurs méthodes moléculaires (SSCP, pyroséquençage 454, séquençage de souches pures) pour étudier les communautés microbiennes colonisant le bois de vigne. Ces techniques sont maîtrisées sur ce substrat au sein de l’UMR SAVE, par contre elles ont uniquement été appliquées à 2 cépages de la région Aquitaine.

L’objectif du présent projet est de caractériser la structure des communautés microbiennes associées aux tissus nécrosés et non-nécrosés de bois chez des ceps symptomatiques-esca et asymptomatiques, mais en étendant l’étude à plusieurs cépages typiques de régions viticoles en France. Les cépages dont la sensibilité à l’esca/BDA est différente selon les études de Bruez et al. (2013) et Grosman et Doublet (2012) seront prélevés.

Cette étude permettra de mieux appréhender la diversité spécifique et l’organisation fonctionnelle des communautés fongiques et bactériennes du bois de vigne. Au-delà de la connaissance de la fraction des champignons connus pour être pathogènes, elle permettra d’identifier les espèces fongiques présentes dans le bois pouvant avoir un caractère bénéfique pour la plante, soit en tant qu’antagonistes d’agents pathogènes, soit en développant des interactions mutualistes avec la plante ou en induisant des réactions de défenses chez la plante. La caractérisation de ce type de micro-organisme pourra conduire à des applications pratiques en lutte biologique, par exemple. Nous analyserons également dans ce travail, la microflore globale bactérienne, celle-ci étant peu caractérisée au niveau du tissu du bois chez la vigne et chez d’autres plantes ligneuses. Pourtant, d’après Clausen (1996), certaines bactéries présentent dans les tissus ligneux ont une capacité à dégrader le bois. Elles pourraient être les premières à intervenir dans le processus de dégradation du bois. Greaves (1971) a ainsi défini 4 types de bactéries qui vivent dans le bois :

- celles qui affectent la perméabilité et la solidité du bois,

- celles qui dégradent les parois cellulaires du bois,

- celles qui s’allient avec des champignons pour dégrader le bois et

- celles qui sont saprophytes. Les genres Bacillus (particulièrement B. subtilis) et Pseudomonas (particulièrement P. fluorescens) appartiennent à la catégorie de bactéries qui altèrent le bois. D’autres espèces de Pseudomonas (P. putida) peuvent dégrader la lignine, l’un des composants principaux des parois cellulaires.

Méthodologie

Cette expérimentation sera réalisée en prélevant des tissus ligneux sur des plants de Vitis vinifera. Nous utiliserons le réseau de parcelles suivies au niveau de l’esca/BDA pour sélectionner les ceps que nous prélèverons. Par région, les cépages choisis seront en Alsace (Gewurztraminer), Aquitaine (Merlot), Bourgogne (Pinot noir), Centre (Sauvignon blanc), Champagne (Chardonnay), Jura (Savagnin, vignoble Maison Louis Pasteur), Languedoc-Roussillon (Mourvédre), Midi-Pyrénées (Servadou), Pays de la Loire (Chenin), Poitou-Charentes (Ugni blanc) et Provence Alpes Côte d’Azur (Cinsault).

Quatre ceps symptomatiques et quatre plants asymptomatiques seront prélevés pour chaque cépage/parcelle. Ces ceps seront sectionnés longitudinalement au niveau des bras, du tronc et du porte-greffe. Des échantillons de tissus non-nécrosés, nécrosés, d’amadou seront prélevés, afin d’en extraire l’ADN qui servira pour la SSCP et le pyroséquençage. Les protocoles utilisés seront ceux décrits dans la thèse d’E. Bruez.